富士通さんが早速検証されているようです。
http://primeserver.fujitsu.com/primergy/software/windows/os/wins2008/w2008r2/01-02.html
この資料によると、平均3%で最大6%程度のオーバーヘッドだそうです。
実際に試した処、オーバーヘッドを感じる事はありませんでした。
各ソフトメーカーのサポート状況は気になりますが、検証環境としては申し分ない感じです。
メリットとしては、
・Hyper-V等の仮想化と違い、オーバーヘッドが少ない
・ハードウエア依存の検証も可能
・問題が発生した時のリカバリーのし易さ
・VHDブートした中でHyper-Vを起動できる
(仮想化の検証も可能)
素敵な感じがします。
不具合の気配を感じないし、、
サーバーこそVHDブートだと感じました。