いきなりタイトルと違うけど、、Foxit iFilterのインストール手順を見つけたのでメモ
・MOSS
http://www.businessbooks.jp/pages/79/file20081014_1.pdf
・WSS
http://www.businessbooks.jp/pages/79/file20081014_3.pdf
FoxItの優位性で記載されている内容そのままですが、FoxIt版のiFilterはマルチスレッドに対応しているなど大規模運用では必須のiFilterですね。
ただし、Foxit版のiFilterは有償です。36,300円程度で売ってました
(ただし、ディスクトップで利用する限りは無料です。)
http://blogs.msdn.com/opal/archive/2008/12/10/pdf-ifilter-battle-foxit-vs-adobe-64bit-version.aspx