64Bit版のiFilterの設定方法を丁寧に書いているBlogを見つけたのでメモ
http://pnpk.net/cms/archives/1120/all/1
基本はAdobeのホームページに書いている事をそのまますれば良いだけです。
http://www.adobe.com/special/acrobat/configuring_pdf_ifilter_for_ms_sharepoint_2007.pdf
レジストリを修正するのが、若干ハードル高いかもしれませんが手順は難しくないです。
これで、有償のiFilterを発売しているFoxitに頼らなくても良くなります。
(Foxitの方がクロール速度的には早そうですが、、)