「シェアポイント ハイブ」、よくわからない人が多いようです。    
沢山フォルダが有り、混乱するのでしょうか。     
わからない人は、BIN、Logsフォルダ位を押さえたらよいのかなと思っています。     
下記にSharePoint Hiveにあるフォルダの説明を簡単に記載しました。    
注意としては、Webサービス用のフォルダが2か所(ADMISAPI、ISAPI)ある事でしょうか。。    
あと、Template配下に、「LAYOUTS」フォルダも曲者ですね。    
このフォルダがIISの仮想デレクトリ「/_layouts」と成っています。    
「サイトの管理」のURLを良く見ると「/_layouts/settings.aspx」ですよね。    
「LAYOUTS」フォルダに実体があります。    
%COMMONPROGRAM FILES%Microsoft SharedWeb Server Extensions12
| フォルダ名 | 説明 | 
|---|---|
| ADMISAPI | 構成管理用のWebサービス(asmxファイル)等が保存されています。 | 
| BIN | 管理ツール等が保存されています。 | 
| CONFIG | SharePointインフラ面の設定ファイルなどが保存されています。 | 
| HCCab | 各種ヘルプファイルの保存場所です。           ロケール毎にフォルダが作成されます。  | 
| HELP | 各種ヘルプファイルの保存場所です。           ロケール毎にフォルダが作成されます。  | 
| ISAPI | 各種Webサービス(asmxファイル)等が保存されています。          レポート統合したReportBuilderもココに有りました。  | 
| TEMPLATE | 各種テンプレートの保存場所。           サイトテンプレート、テーマ、”/_layouts”配下のaspxファイル、アイコン、画像などが保存されます。 SharePoitnのカスタマイズには絶対関わる個所になるでしょうう。  | 
| Resources | 言語毎のリソースファイル置き場 | 
| Logs | ログファイルの保存場所 | 
詳細は、一応MSDNに記載されていますが、、検索に引っかからねーよ、、、    
特殊なディレクトリと保存場所