ファイルシステムキャッシュの説明から始めます。
SharePointでのファイルシステムキャッシュとは、構成DBの情報をXMLファイルとして保存する仕組みの事です。
通常であれば、構成DBが更新されるとファイルシステムキャッシュも更新されます。
しかし、インストールが上手く行かずに何度もリトライした様な環境だと、構成DBとファイルシステムキャッシュが一致しなくなる場合があります。
その時に結果として、「更新の競合…」とエラーがイベントID:6482でイベントログに記録されます。
1分毎に記録されるのでか、かなり目立つはずです。
トレースログにも「更新の競合が発生したため、この操作を再試行してください。」と記録されます。
KBは下記が参考になります。
http://support.microsoft.com/kb/939308
■解決方法
タイトルのファイルシステムキャッシュをクリアすれば解決します。
Windows2003の場合はファイルの場所が違いますが、今更不要だと思うので参考リンクのみ。
１．SharePointタイマーサービスをWindowsサービスから停止
（SharePoint2010なら、「SharePoint 2010 Timer」を停止）
２．C:\ProgramData\Microsoft\SharePoint\Config\に「cache.ini」が有るフォルダを探す
３．「cache.ini」ファイルをバックアップ
４．該当フォルダのXMLファイルを削除
５．「cache.ini」を編集し「1」のみの状態にする。
６．SharePointタイマーサービスをWindowsサービスから起動
７．しばらく待って「cache.ini」が1で無くなり、XMLファイルも作成されている事を確認