SharePointでmht形式のファイルをクロールすると、ファイルを開くときにエラーが出て検索できない事があります。クロール時に下記のようなメッセージが表示されます。
Gatherer によって削除（開始アドレス、またはこのアイテムを含むコンテンツソースが削除されたので、このアイテムも削除されました。）
詳細な原因は記載されてませんでしたが、
「電子メール ファイルの検索が機能しない」の辺りを参照してください。
http://office.microsoft.com/ja-jp/help/HA102919021.aspx
KB2554876を適用する事で解決します。
http://support.microsoft.com/kb/2554876?ln=ja-jp
記載されている条件として、Windows2008 R2 SP1だとの事で、適合する条件は多いと思います。
iFillterで発生する問題のようでしたので、Windows自体にインストールされているiFiltterに問題があるという事だと思われます。