ワークフローを修正すると、下の様に古いバージョンのワークフローは不活性状態で保存されます。
これは、ワークフローの処理中にワークフローを変更してもエラーにしない為の仕様だと思います。（EUC向けの仕様だと思います。） 
以前のバージョンとして保存されるのは問題ないです。
どのタイミングか分からないですが、”権限付与（1）”の様に新しいバージョンが保存される様な時が有ります。。。
その時は、迷わず全てのワークフローを削除して下さい。
SharePoint Designerで該当のワークフローを開いて保存しなおしたら正常に戻ります。
